La sfârșitul secolului al XIX-lea, comuna făcea parte din plasa Câlniștea a județului Vlașca, și era formată din satele Budeni-Comana, Falaștoaca și Vlad Țepeș, având în total 2574 de locuitori. Existau în comună o moară cu aburi, o fabrică de vinars, patru biserici și două școli — una cu 34 de elevi (dintre care 12 fete) la Comana, și una cu 40 de elevi (dintre care 6 fete) la Falaștoaca. La acea vreme, pe teritoriul actual al comunei mai funcționa în aceeași plasă și comuna Grădiștea, cu satele Grădiștea de Jos și Grădiștea de Sus, având o populație de 1064 de locuitori, o biserică zidită în 1658 de Bunea Grădișteanu și o școală mixtă cu 31 de elevi.

Anuarul Socec din 1925 consemnează cele două comune în plasa Călugăreni a aceluiași județ; comuna Comana era reședința plășii și avea 7603 locuitori în aceleași sate, iar comuna Grădiștea avea 1371 de locuitori în unicul sat Grădiștea. În 1931, satul Vlad Țepeș s-a separat pentru a forma o comună de sine stătătoare, iar satul Falaștoaca a trecut la comuna Grădiștea.
În 1950, comunele au fost transferate raionului Vidra și apoi (după 1952) raionului Giurgiu din regiunea București. În 1968, comunele au trecut la județul Ilfov, comunele Vlad Țepeș și Grădiștea fiind desființate și satele lor trecând la comuna Comana. În 1981, o reorganizare administrativă regională a dus la transferarea comunei la județul Giurgiu.

Prima informatie certa ,se refera la “balta Comanei”,mentiune inscrisa intr-un document din 1462 de la Vlad Tepes si pastrata intr-un rezumat redactat in martie 1797. ,,[…]ca sa fie hotarul de la metoh pe cale Giurgiului pana in calea Prundului si din calea Prundului pana in calea Mujdreanului in jos pana in vale, si de acolo pe vale,ca sa fie hotarul pana unde se impreuna cu balta Comanei,drept in iezerul Calnistei.”

Satele adiacente cu care se invecineaza Comana sunt:

Falastoaca -asezata la confluenta Calnistei cu Argesul intr-o zona inundabila,cu drumurile catre in afara nepracticabile multe luni pe an din cauza reversarilor, cu putinele poduri luate de apa, Falastoaca a trait cultivandu-si traditiile ,putin receptive la influente. Nu se cunosc documente care sa-i ateste vechimea,dar Tunusli vorbeste despre Leaota ca sat existent pe aceste locuri. Este posibil ca din aceasta asezare sa se fi nascut Falastoaca, pentru ca Leaota este astazi un cartier al satului.

Vlad Tepes. In sirul celor patru sate dependente de Comana, Vlad Tepes este considerat sat nou. Infiintarea lui administrativa a devenit posibila dupa trecera mosiei manastiresti in patrimoniul satului prin secularizare si s-a materializat prin improprietarirea unor familii tinere intr-un spatiu stabilit official. Aceasta noua vatra sateasca n-a fost desigur aleasa in mod intamplator. Vaile Gurbanului si Suhatului, aflate in vecinatate,au fost zone vechi de locuire,dupa cum o marturisesc descoperirile intamplatoare de pe valea Gurbanului.

Gradistea. Aparitia locuirii la Gradistea ar putea fi rezultatul sedentarizarii unor populatii migratoare, sau a ocuparii de catre acestia a unei vetre locuite deja,ipoteza sugerata de rezonanta slava a denumirii satului. Asezarea insa poate fi mult mai veche. Pledeaza in sensul aesta plasarea ei intr-o pozitie favorabila pe patrimonial ce domina Argesul, precum si descoperirea a numeroase locuri neolitice pe malurile apelor din aceasta zona.epoca certitudinilor este insa mult mai tarzie. Documente din secolul al XVI-lea atesta existenta unei comunitati satesti,Gradistea,plasata pe o mosie cu acelasi nume.

Budeni. Satul Budeni este pomenit in documentele vremii inca din secolul al XV-lea,dar cea mai veche referire certa cunoscuta noua,privitoare la acest sat,este documentul din 1526 de la Radu Voevod,urmat cronologic de inscrisul din 1597 prin care Mihai Viteazul intareste cumpararea unei otcine la Galasesti de la ,,Stanciu din Budeni”. In 1600,Mihai Viteazul daruieste jupanului Grama satul Floresti pe Sabar si Budeni pe Calnistea. La acea data Budeni exista ca sat asezat pe o mosie boiereasca, sat care prin cumparare,fie prin trecere pe seama domniei, va ajunge in stapanirea lui Matei Basarab. Acesta la randul sau il face danie manastirii Comana.